Das Prokulus Museum wurde 2006 als Ergänzung zur St.-Prokulus-Kirche eröffnet. Der moderne Museumsparcour führt durch vier Raum-Zeit-Stationen: Spätantike, Frühmittelalter, Mittelalter und der 30-jährige Krieg mit der verheerenden Fleckfieberepidemie. Kurze Filmsequenzen und archäologische Funde aus Naturns veranschaulichen die damalige Zeit. Die Gräber aus der Fleckfieberepidemie des 17. Jahrhunderts machen deutlich, mit welcher Heftigkeit die Krankheit über die lokale Bevölkerung brach und ganze Landstriche verwüstete. Der Untersuchung der Knochen und was uns diese über die Lebensumstände der Menschen verraten, widmet sich der anthropologischen Teil des Museums. Zudem zeigt das Museum die abgenommenen gotischen Fresken der St.-Prokulus-Kirche.
Somit bilden die St.-Prokulus-Kirche und das Prokulus-Museum eine Einheit und machen gemeinsam 1.500 Jahre Geschichte in Naturns lebendig.